Essa estrutura orgânica possui características originais, que a diferenciam da de outros modelos de integração, como a União Européia. Em primeiro lugar, ela é intergovernamental, o que significa que são sempre os governos que negociam entre si, não existindo órgãos supranacionais. Por outro lado, as decisões no MERCOSUL são sempre tomadas por consenso, não existindo a possibilidade de voto.

Essas características têm significados e conseqüências importantes para o Mercosul. Elas definem, por um lado, a natureza flexível e gradual do processo, que não se encontra preso à rigidez de estruturas decisórias alheias à vontade ou à capacidade de compromisso dos governos envolvidos. Uma decisão adotada pelo Mercosul, na medida em que é consensual, reflete a disposição dos governos dos quatro sócios em sua plena aplicação. No plano jurídico, essa sistemática cria, por outro lado, a necessidade de adotar procedimentos nacionais para incorporação da norma acordada ao ordenamento jurídico nacional de cada Estado Parte.